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三门气候夏冬长，春秋短，属中纬度亚热带过渡地带，为季风湿润气候区，可分为中、西部丘陵山地温凉湿润区和东部滨海平原温和次湿润区。
中、西部丘陵山地温凉湿润区 本区包括珠岙、高枧、亭旁、横渡4个乡镇和沙柳、海游、六敖3个乡镇的大部以及湫水山林场，有海拔100米以下的溪谷盆地和800多米的低山。年平均气温为12.7～16.3℃，最冷1月平均气温为1.7～4.6℃，最热7月平均气温为23.6～27.5℃。无霜期238天以下。年平均降水量1659.5毫米。是全县暴雨中心，夏季多雷阵雨。因受山遮蔽，日照差，热量少，积温小。
东部滨海平原温和次湿润区 全区背山面海，包括海游、健跳、浬浦、沿赤、小雄、泗淋、花桥7个乡镇和沙柳、六敖2个乡镇的部分。年平均气温为16.5～17.2℃，最冷月1月平均气温为5.2～5.9℃，最热月7月平均气温为27.7～27.9℃。年平均降水量为1360～1680毫米，日照充沛。
1、春季
自三月中旬至5月下旬，持续77天。北方冷空气与南方暖湿空气交绥频繁，温度波状上升，冷暖多变，晴阴不定。"倒春寒"约2年出现一次。平均季气温16.9℃，春雨期全年降水量较多，日照偏少，风向多偏东，冰雹偶有发生。
2、夏季
自6月上旬至9月下旬，持续117天，在太平洋副热带高压控制下，多偏南风。初夏时节，阴雨连绵，盛夏则持续晴热，是一年中的相对干热期。7月份平均气温27.9℃，日极端最高气温≥35℃的日数平均为8.6天。8～9月，常受台风雨影响。季平均气温25.8℃，降水量与日照均为全年最多。
3、秋季
自9月下旬至12月上旬，持续66天。10月开始，是夏季风向冬季风转换时期，冷暖空气相遇，气温缓慢波状下降，昼夜温差大，季平均气温21.9℃，是全年雨水最少季节。日照占全年的16.7%。十月份受偏北气流控制，多偏北风。
4、冬季
自12月上旬至翌年3月中旬，持续105天。本县位于西伯利亚～蒙古高压东南部，盛行偏北风。太阳辐射量和日照时数减少，多晴朗寒冷天气，且多霜雪，严寒期较短。季平均气温6.8℃。
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